OpenRefine/Version imprimable

OpenRefine

Une version à jour et éditable de ce livre est disponible sur Wikilivres,
une bibliothèque de livres pédagogiques, à l'URL :
https://fr.wikibooks.org/wiki/OpenRefine

Vous avez la permission de copier, distribuer et/ou modifier ce document selon les termes de la Licence de documentation libre GNU, version 1.2 ou plus récente publiée par la Free Software Foundation ; sans sections inaltérables, sans texte de première page de couverture et sans Texte de dernière page de couverture. Une copie de cette licence est incluse dans l'annexe nommée « Licence de documentation libre GNU ».

Introduction

Logiciels libres
Blender • Firefox • Gimp, Quézaco ? • Inkscape • K3b • Kdenlive • MediaWiki pour débutants • OpenOffice.org • Pidgin • Scribus • Mozilla Thunderbird

un livre appartenant à l'étagère Informatique de Wikilivres.

Ce wikilivre sur le logiciel libre OpenRefine souhaite réunir l'ensemble des informations en français sur l'utilisation de ce dernier.

Il existe déjà sur Internet beaucoup de tutoriels et de marches à suivre sur OpenRefine, ce wikilivre n'a pas pour but d'en créer des nouveaux mais plutôt de répertorier ceux-ci et parfois d'en donner des résumés qui en rappelle les points essentiels.

En effet, une grande partie des informations proviennent des excellents sites et notes sur le sujet de Maïwenn Bourdic et Mathieu Saby , ainsi que des si précieux tutoriels video réalisés par Ettore Rizza .

Les informations devront permettre à tous les publics, des personnes débutantes à celles expertes, d'y trouver des informations.

Historique de ce wikilivre

Le projet a été initié par 2le2im-bdc en novembre 2019 mais le projet souhaite être mené de façon collective.

Liste des contributrices et contributeurs souhaitant être identifié.e.s : 2le2im-bdc, VIGNERON, à compléter.

Import des données

Import de données

La première étape de tout projet est d'importer les données sur lesquels on veut travailler. OpenRefine accepte un grand nombre de formats de données différents : TSV, CSV, *SV, Excel (.xls et .xlsx), JSON, XML, RDF en tant XML. OpenRefine dispose de plusieurs façons de fournir ces formats, à partir d'un fichier local, d'une adresse Internet (URL), par simple copier-coller, en se connectant à une base de données (PostgreSQL, MySQL ou MariaDB) ou d'un tableur Google.

Format XML

Selon Maïwenn Bourdic : "Il est possible d'importer un fichier XML qu'OpenRefine va transformer en tableau (en gros, une balise = une colonne). Dans le fichier XML à importer, enlever d'abord tout ce qui concerne la zone de déclaration. Pour un fichier XML-EAD par exemple, il est possible d'alléger le contenu du <archdesc> et ne garder que le contenu du <dsc> (en conservant quand même un fichier xml valide avec toutes les balises bien fermées)" .

Nettoyage des données

Une fois l'analyse des données effectuées, on peut se lancer dans le nettoyage de celles-ci.

Il existe au moins deux manières principales de nettoyer des données : travailler individuellement sur chacune de celles-ci ou de faire des modifications en masse. OpenRefine permet les deux mais évidemment son principal avantage réside dans les transformations de masse.

Modifications individuelles

Chaque cellule du tableur affiché dans OpenRefine peut être modifiée individuellement. Cela est aussi possible sur les facettes elles-mêmes.

Ligne

Ajouter une ligne dans OpenRefine c'est possible.

1. Choisir la colonne dans laquelle se trouve l'information à répartir sur deux lignes;
2. Puis "Éditer les cellules"->"Diviser les cellules multivariées"
3. Définir le type de séparateur qui opérera la séparation.

Journal des actions

OpenRefine offre dans la zone de gauche de l'interface de traitement des données un journal des actions et transformations opérées. Cela permet de revenir en tout temps en arrière, y compris jusqu'à la première action.

Ce journal des actions peut aussi être exporté (via "Extraire") afin de pouvoir être rejoué (via "Appliquer") tel quel sur un nouveau ensemble de données. Cette fonctionnalité est très pratique si on travaille sur plusieurs fichiers similaires ou sur plusieurs versions d'un même fichier (par exemple fichier mis à jour régulièrement).

Modifications en masse

Cette section est vide, pas assez détaillée ou incomplète.

Groupe

À partir d'une liste de termes obtenus par la demande d'une facette, ou simplement en choisissant Éditer les cellules->Grouper et éditer, OpenRefine offre une proporition de regroupement des valeurs par similitude. À partir de cette visualisation, il est possible de procéder à des fusions de termes sous une même valeur. Voir à ce sujet la video no 1 d'introduction de 2011.

Chaînes de caractères

Cette section est vide, pas assez détaillée ou incomplète.

Il existe de nombreuses fonctions GREL pour manipuler les chaînes de caractères :

• pour les découper (trim(c) strip(c) chomp(c1, c2) substring(c, 0, 10) split(c1, c2)),
• pour changer la casse (toLowercase(c) toUppercase(c) toTitlecase(c)),
• pour calculer ou compter la chaîne (length(c) contains(c1, c2)),
• etc.

Dates

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Typer une colonne en date

Transformer le format d'une colonne en date (de type aaaa-mm-jjT00:00:00Z, soit jusqu'à l'heure !) permet d'utiliser la facette chronologique, et donc la jauge temporelle.

Pour ce faire : Clic sur la colonne -> Editer les cellules -> Transfomations courantes -> En date.

Un conseil : dupliquer la colonne date pour faire la manipulation sur un double...

Source : le blog de Maïwenn Bourdic.

Changer le type de date

Clic sur la colonne -> Editer les cellules -> Transformer -> la commande GREL :

value.toDate('yyyy-MM-dd','MMM-yy').toString('dd-MM-yyyy')

Source : le blog de Maïwenn Bourdic.

GREL

GREL est un acronyme qui signifie General Refine Expression Language.

Voir la documentation officielle et aussi le mémo de Mathieu Saby

La base

1. Les formules GREL ne commence pas par un signe = contrairement à celles des tableurs habituels.
2. La formule n'est pas stockée dans la cellule. C'est le résultat qui l'est.
3. value appelle la valeur de la colonne d'où est partie la requête.
4. cells['nom de la colonne'] ou cells.nom_colonne permet d'appeler n'importe quel valeur sur une autre colonne.
5. les transformations peuvent être enchaînées par un point.
6. les transformations peuvent encapsulées par des parenthèses (seule possibilité pour les transformations conditionnelles).

Tiré en partie du mémo de Mathieu Saby,

Transformations primaires

Comme le dit Mathieu Saby dans son mémo, Les formules GREL permette de réaliser les opérations simples comme :

• concaténer des valeurs : "a"+"b"->ab
• calculer sur les nombres grâce aux opérateurs + - / *: 1+2->3
• comparer grâce aux opérateur : ==,!==,<,>,=>,<=

Transformations directes

Mathieu Saby distingue les formules GREL de fonction et celles de contrôle, nous les avons distingué ici entre celles de transformations directes et celles de transformations conditionnelles, recoupant plus ou moins la même distinction.

premier modèle

Le premier modèle s'écrit fonction(paramètres).

• forEach(value.split("-"), v, v.toTitlecase()).join("-") pour appliquer une majuscule sur les intiales à un nom composé, par exemple : nadine-josette.
• value(1,5) qui signifie reprendre les valeurs ayant la position de 1 à 5 dans la nouvelle colonne.
• value + " " + cells["nom de la colonne"].value permet de concatener les valeurs de deux colonnes dans une troisième.

second modèle

Le second modèle s'écrit Paramètre1.fonction(Paramètre2).

• value.log().
• value.parseJson().responseData.language.
• value.replace("quelque chose","par quelque chose d'autre")>.
  • value.replace(value,"par quelque chose d'autre") permet de créer une nouvelle colonne en fonction d'une existante avec une valeur nouvelle.
• value.substring(2) qui signifie reprendre tous les caractères moins ceux ayant les deux premières positions.
• value.toDate('yyyy-MM-dd','MMM-yy').toString('dd-MM-yyyy') pour changer le type de date.

Transformations conditionnelles

• if(cells["titre d'une autre colonne"].value, value + "un texte", value) qui nécessite que l'autre colonne dispose de valeur de requête vrai ou faux. Si c'est le cas alors on peut utiliser if (si) le valeur est vraie alors ajoute au texte existant un texte, sinon on laisse la valeur telle quelle.
• if(isBlank(cells["colonne 1"].value), " - ", cells["colonne 1"].value) + " - " + if(isBlank(cells["colonne 2"].value), " - ", cells["colonne 2"].value) + " - " + if(isBlank(cells["colonne 3"].value), " - ", cells["colonne 3"].value) + " - " + if(isBlank(cells["colonne 4"].value), " - ", cells["colonne 4"].value) pour concatener le contenu de 4 colonnes dont certaines ne disposent pas de valeur.
• not(value.startsWith("quelque chose")).
• with(value.parseJson()[0],pair, pair.lat + ',' + pair.lon).
• filter
• forEach
• forEachIndex
• forRange
• IsBlank
• IsNonBlank
• IsNull
• IsNotNull
• IsNumeric
• IsError
• forNonBlank

Réconciliation et enrichissement

Avec Wikidata

Reconciliation / Enrichissement

Voir la procédure proposée par Mathieu Saby .

Voir la procédure proposée par Maiwenn Bourdic .

Voir aussi

• (fr) Gautier Poupeau, « Aligner vos données avec Wikidata grâce à l'outil Open Refine » sur https://medium.com, 27 octobre 2018. Consulté le 4 décembre 2019.
• (fr) Antoine Courtine, « “Reconcilier” une liste de nom d’architectes avec Wikidata en utilisant OpenRefine » sur https://www.slideshare.net, 21 février 2017. Consulté le 7 décembre 2019.

Avec un CSV

Dans ce cas nous allons réconcilier en vue d'une normalisation nos données dans le projet Openrefine ouvert et des données externes dont nous disposons sous forme de fichier .csv.

Nous allons effectuer pour cela un fuzzy maching. La manoeuvre va nous permettre de réconcilier des données dont l'orthographe est plus ou moins proche et de récupérer le cas échéant leurs identifiants externes. Pour tout autre enrichissement, il faudra se tourner dans un second temps vers d'autres procédures.

La plupart des informations pour réaliser cela ont été tirées du tutoriel video sur ce sujet réalisé par Ettore Rizza sur le sujet .

Reconciliation

1. Lancer Openrefine;
2. Créer un projet OpenRefine à partir de nos données A de base;
3. Créer un dossier de travail sur notre ordinateur;
4. Créer un fichier .csv avec nos données B avec lesquelles on veut réconcilier les données A. Le fichier doit dispose de deux colonnes, l'une avec un identifiant unique (ex.1, 2, 3 etc.) et une seconde avec les valeurs que l'on souhaite réconcilier. Enregistrer ce fichier dans le dossier de travail;
5. Télécharger le plugin d'OpenRefine permettant le fuzzy matching qui est sous la forme d'une archive JAVA;
6. Enregistrer ce plugin dans le dossier;
7. Activer le plugin au travers d'une invite de commande, à partir du dossier dans lequel l'archive JAVA a été déposée, au moyen de la commande suivante (sans les crochets) :

   java -jar [nom de l'archive] [le nom de fichier de référence] [Nom de la colonne qui servira au matching] [Nom de la colonne où se trouve l'identifiant unique]

8. Retourner au projet OpenRefine avec nos données A. Choisir la colonne que nous voulons réconcilier, dans l'en-tête de colonne choisir au moyen du petit triangle : Reconcilier->Démarrer la réconciliation->Ajouter un service standard puis indiquer l'adresse URL préciser sur la page du plugin (http://localhost:8000/reconcile)->Add Service->Start Reconciling;
9. Le matching s'est effectué;
10. Dans le cas de doute, le service propose des différents choix, nous devons alors effectuer un choix à la main de façon sérielle ou unique.

Enrichissement

Via l'application java permettant le fuzzy matching, on ne peut récupérer que l'identifiant de la valeur réconciliée. Voici comment procéder :

1. Dans le projet OpenRefine avec nos données A à présent réconciliées avec les données B du fichier .csv, il faut choisir la colonne réconciliée, dans l'en-tête de colonne choisir au moyen du petit triangle : "Éditer la colonne"->"Ajouter une colonne en fonction de cette colonne" puis:
   • Donner un "Nouveau nom de colonne";
   • Introduire une expression GREL

     cell.recon.match.id

     .

Avec une API

Reconcilliation

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Enrichissement

Voir la procédure proposée par Mathieu Saby .

Enrichissement par jointure

Lorsque l'on dispose de données avec une clé de concordance absolument identique, il est alors possible de faire une jointure entre deux projets OpenRefine afin d'enrichir un projet par les données de l'autre.

La plupart des informations pour réaliser cela ont été tirées du tutoriel video sur ce sujet réalisé par Ettore Rizza sur le sujet .

Selon Ettore Rizza, il existerait au moins deux manière de faire une jointure dans OpenRefine, soit par un plugin soit par une commande GREL.

GREL

1. Il faut ouvrir le projet A et le projet B dans OpenRefine;
2. Dans le projet OpenRefine avec nos données A, il faut choisir la colonne qui servira de pivot entre les deux projets, dans l'en-tête de cette colonne choisir au moyen du petit triangle : "Éditer la colonne"->"Ajouter une colonne en fonction de cette colonne" puis dans l'interface qui s'ouvre alors:
   • Donner un "Nouveau nom de colonne";
   • Introduire cette expression GREL :

     cell.cross("titre du projet B", "titre de la colonne pivot dans le projet B").cells["titre dans le projet B de la colonne contenant les données à rapatrier dans le projet A"].value[0]

     .
   • Appuyer sur ok.

Plugin

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Voir aussi

(fr) Maïwenn Bourdic, « Enrichir à partir d'un autre projet openrefine » sur https://www.patrimoine-et-numerique.fr, 12 avril 2017. Consulté le 7 décembre 2019.

Export des données

La fonction d'export se trouve en haut à droit de l'interface de traitement.

Il existe de nombreux format d'export depuis OpenRefine. On peut utiliser les modèles déjà implémenter ou en établir un à travers de l'outil de modélisation.

Modèles en place

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Modélisation

Voir un exemple dans la video 2 de 2011.

Voir aussi

Publications

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Billet de blog

• (fr) Maïwenn Bourdic, « OpenRefine, "Excel aux hormones" pour nettoyage de données" » sur https://www.patrimoine-et-numerique.fr, 12 avril 2017. Consulté le 2 décembre 2019.

Site internet

• (fr) Mathieu Saby, « Nettoyer et préparer des données avec OpenRefine : atelier pour les journées du consortium MASA », 14 novembre 2018 (mise à jour le 19 novembre 2019). Consulté le 2 décembre 2019.
• (en) RefinePro Knowledge Base for OpenRefine. Consulté le 27 janvier 2020.
• (en) Illionois University Library, « OpenRefine » sur https://guides.library.illinois.edu, 17.08.2018. Consulté le 28 janvier 2020.

Diaporama

• (fr) Mathieu Saby, « Nettoyer et préparer des données avec OpenRefine : formation URFRIST PACA » sur https://fr.slideshare.net, 25 avril 2017. Consulté le 11 février 2020.

Licence de documentation libre GNU

Résumé

La licence de documentation libre GNU (GNU Free Documentation License) est une licence produite par la Free Software Foundation. Cette licence a pour but de permettre la diffusion de contenu libre.

L'objet de cette Licence est de rendre tout manuel, livre ou autre document écrit « libre » au sens de la liberté d'utilisation, à savoir : assurer à chacun la liberté effective de le copier ou de le redistribuer, avec ou sans modifications, commercialement ou non.

Attention, contenu libre ne veut pas dire domaine public. Les différents créateurs de documents sous licence GFDL restent propriétaire de leurs écrits ou de leurs images. La licence GNU requiert que les auteurs gardent le crédit de leurs contributions. Pour cette raison, toute utilisation de document sous licence GFDL doit mentionner la source de ce contenu (par exemple, soit en créditant l'organisation d'où origine le document ou encore le document directement).

• en français (traduction non officielle, version 1.1): http://cesarx.free.fr/gfdlf.html
• version officielle en anglais: http://www.gnu.org/copyleft/fdl.html

Texte intégral

		GNU Free Documentation License
		  Version 1.2, November 2002


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or XML using a publicly available DTD, and standard-conforming simple
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A section "Entitled XYZ" means a named subunit of the Document whose
title either is precisely XYZ or contains XYZ in parentheses following
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specific section name mentioned below, such as "Acknowledgements",
"Dedications", "Endorsements", or "History".)  To "Preserve the Title"
of such a section when you modify the Document means that it remains a
section "Entitled XYZ" according to this definition.

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Copying with changes limited to the covers, as long as they preserve
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If the required texts for either cover are too voluminous to fit
legibly, you should put the first ones listed (as many as fit
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   from that of the Document, and from those of previous versions
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   if the original publisher of that version gives permission.
B. List on the Title Page, as authors, one or more persons or entities
   responsible for authorship of the modifications in the Modified
   Version, together with at least five of the principal authors of the
   Document (all of its principal authors, if it has fewer than five),
   unless they release you from this requirement.
C. State on the Title page the name of the publisher of the
   Modified Version, as the publisher.
D. Preserve all the copyright notices of the Document.
E. Add an appropriate copyright notice for your modifications
   adjacent to the other copyright notices.
F. Include, immediately after the copyright notices, a license notice
   giving the public permission to use the Modified Version under the
   terms of this License, in the form shown in the Addendum below.
G. Preserve in that license notice the full lists of Invariant Sections
   and required Cover Texts given in the Document's license notice.
H. Include an unaltered copy of this License.
I. Preserve the section Entitled "History", Preserve its Title, and add
   to it an item stating at least the title, year, new authors, and
   publisher of the Modified Version as given on the Title Page.  If
   there is no section Entitled "History" in the Document, create one
   stating the title, year, authors, and publisher of the Document as
   given on its Title Page, then add an item describing the Modified
   Version as stated in the previous sentence.
J. Preserve the network location, if any, given in the Document for
   public access to a Transparent copy of the Document, and likewise
   the network locations given in the Document for previous versions
   it was based on.  These may be placed in the "History" section.
   You may omit a network location for a work that was published at
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   publisher of the version it refers to gives permission.
K. For any section Entitled "Acknowledgements" or "Dedications",
   Preserve the Title of the section, and preserve in the section all
   the substance and tone of each of the contributor acknowledgements
   and/or dedications given therein.
L. Preserve all the Invariant Sections of the Document,
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   or the equivalent are not considered part of the section titles.
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   may not be included in the Modified Version.
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   or to conflict in title with any Invariant Section.
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If the Modified Version includes new front-matter sections or
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These titles must be distinct from any other section titles.

You may add a section Entitled "Endorsements", provided it contains
nothing but endorsements of your Modified Version by various
parties--for example, statements of peer review or that the text has
been approved by an organization as the authoritative definition of a
standard.

You may add a passage of up to five words as a Front-Cover Text, and a
passage of up to 25 words as a Back-Cover Text, to the end of the list
of Cover Texts in the Modified Version.  Only one passage of
Front-Cover Text and one of Back-Cover Text may be added by (or
through arrangements made by) any one entity.  If the Document already
includes a cover text for the same cover, previously added by you or
by arrangement made by the same entity you are acting on behalf of,
you may not add another; but you may replace the old one, on explicit
permission from the previous publisher that added the old one.

The author(s) and publisher(s) of the Document do not by this License
give permission to use their names for publicity for or to assert or
imply endorsement of any Modified Version.


5. COMBINING DOCUMENTS

You may combine the Document with other documents released under this
License, under the terms defined in section 4 above for modified
versions, provided that you include in the combination all of the
Invariant Sections of all of the original documents, unmodified, and
list them all as Invariant Sections of your combined work in its
license notice, and that you preserve all their Warranty Disclaimers.

The combined work need only contain one copy of this License, and
multiple identical Invariant Sections may be replaced with a single
copy.  If there are multiple Invariant Sections with the same name but
different contents, make the title of each such section unique by
adding at the end of it, in parentheses, the name of the original
author or publisher of that section if known, or else a unique number.
Make the same adjustment to the section titles in the list of
Invariant Sections in the license notice of the combined work.

In the combination, you must combine any sections Entitled "History"
in the various original documents, forming one section Entitled
"History"; likewise combine any sections Entitled "Acknowledgements",
and any sections Entitled "Dedications".  You must delete all sections
Entitled "Endorsements".


6. COLLECTIONS OF DOCUMENTS

You may make a collection consisting of the Document and other documents
released under this License, and replace the individual copies of this
License in the various documents with a single copy that is included in
the collection, provided that you follow the rules of this License for
verbatim copying of each of the documents in all other respects.

You may extract a single document from such a collection, and distribute
it individually under this License, provided you insert a copy of this
License into the extracted document, and follow this License in all
other respects regarding verbatim copying of that document.


7. AGGREGATION WITH INDEPENDENT WORKS

A compilation of the Document or its derivatives with other separate
and independent documents or works, in or on a volume of a storage or
distribution medium, is called an "aggregate" if the copyright
resulting from the compilation is not used to limit the legal rights
of the compilation's users beyond what the individual works permit.
When the Document is included in an aggregate, this License does not
apply to the other works in the aggregate which are not themselves
derivative works of the Document.

If the Cover Text requirement of section 3 is applicable to these
copies of the Document, then if the Document is less than one half of
the entire aggregate, the Document's Cover Texts may be placed on
covers that bracket the Document within the aggregate, or the
electronic equivalent of covers if the Document is in electronic form.
Otherwise they must appear on printed covers that bracket the whole
aggregate.


8. TRANSLATION

Translation is considered a kind of modification, so you may
distribute translations of the Document under the terms of section 4.
Replacing Invariant Sections with translations requires special
permission from their copyright holders, but you may include
translations of some or all Invariant Sections in addition to the
original versions of these Invariant Sections.  You may include a
translation of this License, and all the license notices in the
Document, and any Warranty Disclaimers, provided that you also include
the original English version of this License and the original versions
of those notices and disclaimers.  In case of a disagreement between
the translation and the original version of this License or a notice
or disclaimer, the original version will prevail.

If a section in the Document is Entitled "Acknowledgements",
"Dedications", or "History", the requirement (section 4) to Preserve
its Title (section 1) will typically require changing the actual
title.


9. TERMINATION

You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Document except
as expressly provided for under this License.  Any other attempt to
copy, modify, sublicense or distribute the Document is void, and will
automatically terminate your rights under this License.  However,
parties who have received copies, or rights, from you under this
License will not have their licenses terminated so long as such
parties remain in full compliance.


10. FUTURE REVISIONS OF THIS LICENSE

The Free Software Foundation may publish new, revised versions
of the GNU Free Documentation License from time to time.  Such new
versions will be similar in spirit to the present version, but may
differ in detail to address new problems or concerns.  See
http://www.gnu.org/copyleft/.

Each version of the License is given a distinguishing version number.
If the Document specifies that a particular numbered version of this
License "or any later version" applies to it, you have the option of
following the terms and conditions either of that specified version or
of any later version that has been published (not as a draft) by the
Free Software Foundation.  If the Document does not specify a version
number of this License, you may choose any version ever published (not
as a draft) by the Free Software Foundation.


ADDENDUM: How to use this License for your documents

To use this License in a document you have written, include a copy of
the License in the document and put the following copyright and
license notices just after the title page:

    Copyright (c)  YEAR  YOUR NAME.
    Permission is granted to copy, distribute and/or modify this document
    under the terms of the GNU Free Documentation License, Version 1.2
    or any later version published by the Free Software Foundation;
    with no Invariant Sections, no Front-Cover Texts, and no Back-Cover Texts.
    A copy of the license is included in the section entitled "GNU
    Free Documentation License".

If you have Invariant Sections, Front-Cover Texts and Back-Cover Texts,
replace the "with...Texts." line with this:

    with the Invariant Sections being LIST THEIR TITLES, with the
    Front-Cover Texts being LIST, and with the Back-Cover Texts being LIST.

If you have Invariant Sections without Cover Texts, or some other
combination of the three, merge those two alternatives to suit the
situation.

If your document contains nontrivial examples of program code, we
recommend releasing these examples in parallel under your choice of
free software license, such as the GNU General Public License,
to permit their use in free software.